Este ramal ferroviario surgió como consecuencia necesaria de la construcción del ferrocarril de Calahorra a Arnedillo. De hecho, este último trazado se justificó en gran parte para transportar la producción de las minas de carbón de Préjano. Ya que la línea principal no llegaba hasta las minas, sino que pasaba por el paraje de Ariñano, a unos 5 km, se tendió una línea minera, de ancho 60 cm, que transportaba el carbón hasta el ferrocarril de vía métrica de Calahorra.

Los comienzos de ambos ferrocarriles fueron, pues, parejos, iniciándose la explotación en 1924. En los primeros años de servicio, las vagonetas circulaban, en primer lugar, desde las bocaminas hasta la estación de Préjano-pueblo. Allí se formaban los convoyes que, remolcados por maquinillas de motor de gasolina, descendían hasta la estación de Préjano-
empalme (o Ariñano), donde se trasvasaba el mineral a los vagones que la empresa minera tenía para el tráfico hasta Calahorra.

Esta situación se mantuvo hasta el año 1938, momento en el que el Estado asumió la explotación del ferrocarril Calahorra-Arnedillo, resolviendo la empresa minera cerrar el tramo desde Ariñano hasta Préjanopueblo. En este último lugar, las vagonetas mineras, remolcadas desde entonces por caballerías, trasvasaban su mercancía a camiones que, a su vez, la volvían a entregar a los vagones que desde Ariñano descendían hasta Calahorra.

Lo cierto es que la producción minera nunca fue muy generosa (la empresa minera sólo tenía dos vagones para el transporte de mineral hacia Calahorra) y la calidad del carbón era más bien mediocre. Hubo intentos incluso de montar una central térmica en Ariñano, pero curiosamente la obra, una vez construida, fue desmontada y se trasladó a otra región. Finalmente, los últimos restos del ferrocarril minero fueron clausurados, al tiempo que la línea de Arnedillo, en 1966.